临床上发现胃食管反流的酸性胃液及胃全切除后的碱性肠液反流均可发生食管下端黏膜损害，出现柱状上皮上移。食管囊肿发生后使食管下端括约肌收缩力降低及食管清除功能下降的两个因素亦促使Barrett 食管的形成。反流物内容包括胃酸、胃蛋白酶、胰酶、胆酸的一项或多项，促使胃食管反流病人食管鳞状上皮化生。鳞状上皮被破坏后为贲门部的胃柱状上皮向头端转移至食管受损区再上皮化。其他少见的情况由腐蚀性烧伤食管或长期应用抗癌化疗中损害食管黏膜亦可发生Barrett食管。食管运动功能障碍伴随柱状上皮食管的因果关系尚不完全明了。长期随诊中发现食管柱状上皮有癌变的可能，但柱状上皮有恶性前期潜在危险的易感因素不明。
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