卵巢巧克力囊肿是“肿块”但并非是“肿瘤”，它是子宫内膜异位症的一种病变。正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。
如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，粘稠如糊状，似巧克力，故又称“巧克力囊肿”。
卵巢巧克力囊肿，又称卵巢内膜异位囊肿，是患病女性挥之不去的梦魇，它是最不易治疗的良性肿瘤。它到处粘连，四处流窜，治疗之后又很容易复发，缠绵难愈。无论是保守手术还是药物治疗，效果均不理想，而根治手术又不适合想要生小孩的女性。
巧克力囊肿除了让女性在每个经期痛苦万分之外，引起的最大麻烦就是不孕。因为它会伤害到体内的组织，如果在肠胃附近，就会造成腹泻肠胃疼痛；如果是在卵巢，就会影响到卵巢、输卵管功能，造成不孕。严重的巧克力囊肿甚至从根本上颠覆女性做母亲的天职。
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