多发肾囊肿是最常见的肾脏异常，任何年龄均可发生，五十岁以后尤其明显。大多数肾囊肿生长缓慢，不引起任何症状，当囊内感染时会引起腰部胀痛或尿频、尿急、尿痛、尿血等症状。多发性肾囊肿不是肿瘤，但极易与肿瘤相混淆，因此多发性肾囊肿与肾恶性肿瘤的鉴别十分重要。
对于小的肾囊肿，无症状时不需要做任何治疗。
可以一年复查一次，察看囊肿能否持续增大，还可三个月至半年实行尿液检验，包括尿常规、尿液浓缩功能、尿蛋白定量等；可每半年至一年实行一次肾功能检验，包括内生肌酐清除率。不建议对肾囊肿实行尿路创伤性检验。
不建议盲目对肾囊肿进行穿刺治疗。
普通肾囊肿是无需特殊治疗。
囊肿极易复发，穿刺治疗作用不大，还会引起囊内感染。一旦囊内发生细菌感染，即可终身寄生在肾囊内，抗生素治疗难以杀灭囊内细菌。细菌感染后可以刺激囊肿进行性增大，加速残余肾功能毁坏。手术切除囊肿也不是一件容易的事，因为肾表面的囊肿可以切掉，但要切掉埋在肾脏深部的囊肿就相当困难。
肿物较大并怀疑有恶变可能时，可以进行手术治疗。
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